Der Ausbau und die Pflege des Bodeninformationssystems sind mit grossem Aufwand verbunden. So sind die heterogenen Standards früherer Erhebungen und Kartierungen sowie der unterschiedlichen Datenmodelle untereinander anzugleichen und die Bodeninformationen im Zuge von Datenmigrationen schweizweit zu harmonisieren.

Seit Inbetriebnahme des Bodeninformationssystems im Jahr 2012 haben zahlreiche solche Datenmigrationen für punktuelle Bodendaten stattgefunden. Für ein bedeutendes und umfangreiches Migrationsprojekt konnte die NABODAT-Servicestelle auf Vorarbeiten der Bodenkundlichen Gesellschaft der Schweiz (BGS) zurückgreifen. Diese hat äusserst aktiv mitgewirkt, dass die Bodenprofildaten des ehemaligen Dienstes für Bodenkartierungen heute digital erfasst, in einen aktualisierten Kartierungsschlüssel übersetzt und in das nationale Bodeninformationssystem integriert werden konnten. Mittlerweile verwaltet ein Grossteil der Kantone mindestens einen Teil seiner Bodendaten in NABODAT.